Zwölf Ausstellungsräume vermitteln ein umfassendes Bild von der mehr als zwölf Jahrhunderte umfassenden Geschichte des Bistums, seiner tragenden Persönlichkeiten und der hier entstandenen Kunst.
1901 legte Sebastian Mutzl mit der Stiftung seiner Sammlung christlicher Kunst den Grundstock für das Diözesanmuseum. Seit 1982 hat das Museum eine neue Heimat in den historischen Räumen über dem Domkreuzgang, die von Karljosef Schattner umgebaut und eingerichtet worden sind.
Es werden regelmäßig Sonderausstellungen präsentiert.